故事发生在北宇治高中的管乐团中。铠塚霙（种崎敦美 配音）和伞木希美（东山奈央 配音）分别负责双簧管和长笛的演奏。铠塚霙从小就性格内向胆小害羞，在国中时一直过着非常孤独的生活，希美的出现和靠近让铠塚霙第一次感受到了友情带来的温暖，因此将希美视为自己最珍贵的宝物，没想到眷恋和依赖带来的却是患得患失的不安全感。 在高中最后一次音乐比赛中，铠塚霙和希美决定选择《莉兹与青鸟》为参赛曲目。这首出自悲伤童话的歌让铠塚霙不可避免的将自己和希美之间的关系带入其中。随着比赛日期的日渐接近，铠塚霙和希美之间的间隙却越来越大。

“我被冥界拉黑了，所以死不了。”因为某种原因，他被冥界禁止入内，无法回归冥界。为了回到冥界，他开始将幽灵拥有的“灯火”收集到自己的灯笼里。这个神秘的“自称仙人”——鼹鼠（百暗桃弓木），行踪诡异。据说，遇到他的人会开始看见一些奇怪的事物……

在防卫队长官·四之宫功的判断下，日比野卡夫卡逃过了被做成武器的命运，但依然处于被关押状态。在第三部队的新人们接到调动命令，纷纷赶赴各自要去往的新部队时，率领第一部队的最强者·鸣海弦出现在了卡夫卡面前。鸣海表示不需要作为队员的卡夫卡，为了让他认可自己，卡夫卡必须直面“怪兽8号”那过于强大的力量。但与此同时，“怪兽9号”的威胁也在暗中逼近…

身着破旧衣衫，被父母当作佣人使唤的贫穷男爵家次女——玛丽。即便如此，她依然保持着纯真善良的本性，全心全意地为家人付出。某天，玛丽举办了一场生日派对。然而，主角却是宛如公主般的姐姐阿纳斯塔西娅。玛丽在会场外神情哀伤地伫立着，却意外邂逅了身为大富豪的库罗斯·格拉纳多伯爵。两人彼此吸引，格拉纳多伯爵对玛丽一见钟情，然而——阴差阳错之下，他竟向阿纳斯塔西娅而非玛丽求了婚！格拉纳多伯爵与姐姐的婚约正急速推进。然而阿纳斯塔西娅因意外身亡，玛丽不得不代替她嫁入伯爵家……！？因误会而起的"落魄千金"灰姑娘传奇，正式拉开帷幕！

该剧场景取材开始于永乐町的东京宝冢剧场正在兴建的工地为题材。电梯的缆线断裂的爆破场面、配电室的破坏所引发的停电、切换自己发电等等……壮观场面为创作构想是第5弹的重点。剧场屋顶、观众席上方的兴建工程，地下停车场…等等都是取景的所在地。这次少年探侦团的戏份很多唷，少年侦探队的大活跃呢！小小的少年侦探团背负著重大救人的使命，以团队合作来解决危机，势必又是一场冒险患难，吉冈昌仁导演所规划的『新的道具』将会隆重登场。另外，黑暗组织也隆重登场，当然啦，反派就是黑暗组织。请大家拭目以待。

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。                                                                    刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结舌……

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性格与爱好截然相反的高中生小桃（若山诗音 配音）和厄卡伦（花江夏树 配音）因为一个赌局获得了各自的超能力，成为了一同对抗怪物和外星人的朋友。小桃的青梅竹马寺仁（石川界人 配音）因为家中发生的一系列怪异现象前来求助，三人一同来到他家所在温泉街，试图解开寺仁家中的谜团，然而在他们踏入小镇的那一刻，就被一股神秘的势力给盯上了。在经历重重危机之后，小桃和厄卡伦帮助寺仁共同揭开了家中的秘密。

“我想起来了……”沉睡的记忆与真相即将觉醒。故事以长野县为舞台，高人气角色“长野三人组”大和敢助、诸伏高明、上原由衣将登场亮相。当毛利小五郎警视厅时期同事“鳄鱼”遭遇意外，与致使大和敢助“独眼”的神秘雪崩案交织，无法兑现的承诺和独眼中的残像就此重叠。雪花飞舞，真相与爱意终将明晰！这一次，毛利小五郎将不再沉睡，与柯南、大和敢助等人携手探案，亲手揭开掩埋于雪山之下的秘密与真相……