漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。                                                                    刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结舌……

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性格与爱好截然相反的高中生小桃（若山诗音 配音）和厄卡伦（花江夏树 配音）因为一个赌局获得了各自的超能力，成为了一同对抗怪物和外星人的朋友。小桃的青梅竹马寺仁（石川界人 配音）因为家中发生的一系列怪异现象前来求助，三人一同来到他家所在温泉街，试图解开寺仁家中的谜团，然而在他们踏入小镇的那一刻，就被一股神秘的势力给盯上了。在经历重重危机之后，小桃和厄卡伦帮助寺仁共同揭开了家中的秘密。

“我想起来了……”沉睡的记忆与真相即将觉醒。故事以长野县为舞台，高人气角色“长野三人组”大和敢助、诸伏高明、上原由衣将登场亮相。当毛利小五郎警视厅时期同事“鳄鱼”遭遇意外，与致使大和敢助“独眼”的神秘雪崩案交织，无法兑现的承诺和独眼中的残像就此重叠。雪花飞舞，真相与爱意终将明晰！这一次，毛利小五郎将不再沉睡，与柯南、大和敢助等人携手探案，亲手揭开掩埋于雪山之下的秘密与真相……

故事发生在小嗝嗝与没牙仔分开的五年之后，博克岛一年一度的亲衣节又到了，然而随着小嗝嗝的孩子们的长大，对龙与人曾经那段真挚而深刻的友谊只能通过父母的言语来了解，不免产生了质疑，小嗝嗝为防止孩子们对龙的误解，又能想出怎样的妙招呢？

在兔子洞里，灵兔白妮看到时间之窗一个接一个地消失... 未来正在消逝，到底发生了什么？ 同时，马丽娜在家中醒来，发现有人利用奇迹少女与黑猫罗尔的米可幻奇许了愿。 很快，她意识到自己需要变身成奇迹少女……但她发现自己的耳环不见了！ 幸运的是，灵兔白妮在愿望消除一切之前赶来救了她。为了一起拯救未来，灵兔白妮和马丽娜必须找出是谁发现马丽娜就是奇迹少女，以及这个人是何时、如何偷走她的米可幻奇的。 马丽娜意识到蝴蝶米可幻奇现在有了新主人，一切希望似乎都消失了。只有一个人能拯救巴黎和世界，那就是奇迹少女自己。

沙恩團隊結束了在東方的冒險後回到99岩洞，他們跟黑影族發生了爭執，斯拉格大地辛苦得來的和平面臨了破滅的威脅，伊萊跟隊友們忙著處理小混混們搞的噱頭，還要應付前盟友對他們越來越深的敵意，因此當泰德帶著精靈派波從地表來到此處，還用派波神奇的能力提供協助時，伊萊非常歡迎這位新隊友的加入，但是很快地，這個新來的隊友就讓這場混亂蒙上一層陰影。

购物镇的生活从来就不平凡，但随着厨师俱乐部的到来，一切即将变得精彩纷呈。该俱乐部由新晋的“购物小精灵”佩佩·明特和她的“购物小精灵”朋友们主持。为了获得入会资格，这些“购物小精灵”们必须通过唱歌、跳舞、煮菜、焯水等环节才能获得胜利。不过，他们可不只是用小锅慢炖。

十一年一次的祭典即将在正十字学园町召开，奉命随同奥村雪男（福山润 配音）处理幽灵列车事件，却因奥村燐（冈本信彦 配音）和诗绘美（花泽香菜 配音）自作主张，导致事态朝着最混乱的方向发展。暴走的列车不仅损坏大量建筑和设施，还压垮了一个年代久远的神社。遭受禁足惩罚的燐被命令监管原本封印在神社中的少年恶魔，可是在他眼里，那只不过是一个调皮捣蛋却又惹人喜爱的可爱小男孩。燐渐渐放松了警惕，他的友善也得到男孩的热情呼应。与此同时，为防止恶魔入侵，包括台湾支部刘成龙（木内秀信 配音）在内的世界各地顶尖除魔师纷纷云集正十字学园，严阵以待。而在此期间，诡异的事件接连发生…… 本片为漫画家加藤和惠同名原作改编的TV动画剧场版。